总公司为一般纳税人时，分公司是可以申请登记为小规模纳税人的。根据增值税相关管理规定，增值税纳税人的身份认定是以独立核算的主体为单位的，总公司和分公司如果是独立核算的两个纳税主体，就可以分别进行纳税人身份的认定，互不影响。也就是说，只要分公司符合小规模纳税人的认定标准，即年应征增值税销售额不超过500万元，同时会计核算不健全，不能按规定报送有关税务资料，就可以申请登记为小规模纳税人。即使总公司是一般纳税人，也不会影响分公司的纳税人身份选择。

分公司申请小规模纳税人的条件及流程

分公司想要申请成为小规模纳税人，需要满足相应的条件并遵循规范的办理流程。首先是认定条件，除了年应征增值税销售额不超过500万元这一核心标准外，分公司还需满足会计核算不健全，无法准确核算增值税的销项税额、进项税额和应纳税额，也不能按规定报送有关税务资料。其次是办理流程，具体如下：

1. 准备好分公司的营业执照副本、公章、法定代表人身份证明等基础资料，同时填写《增值税一般纳税人登记表》并注明申请小规模纳税人身份。
2. 携带资料前往分公司所在地的主管税务机关办税服务厅，提交申请并配合税务人员进行资料审核。
3. 税务机关审核通过后，会为分公司完成小规模纳税人的登记手续，分公司自此可以按照小规模纳税人的相关规定进行税务申报和缴纳。

总公司与分公司纳税人身份选择的考量

企业在为总公司和分公司选择纳税人身份时，需要结合实际经营情况进行综合考量。如果分公司的年销售额较低，且进项发票获取难度较大，选择小规模纳税人身份可以享受较低的征收率，在税务成本上更具优势；如果分公司的年销售额较高，且能够取得足够的进项发票用于抵扣，那么一般纳税人身份可能更合适。同时，总公司的纳税人身份并不会直接限制分公司的选择，两者的税务核算相互独立，企业可以根据不同主体的经营特点制定合理的税务规划。在日常经营中，企业还需要关注税务政策的变化，及时调整纳税人身份的选择，确保税务合规并降低税务成本。

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